Ilość drużyn spadających z III ligi ulega zwiększeniu o ilość drużyn z terenu województwa zachodniopomorskiego i pomorskiego spadających z II ligi - grupa 'zachodnia'
Orkan Rumia nie otrzymał licencji na grę w III lidze Bałtyckiej w sezonie 2012/2013, zastąpiła go Drawa Drawsko Pomorskie.
Pogoń Barlinek zrezygnowała z udziału w rozgrywkach w sezonie 2013/2014, dlatego utrzymała się Polonia Gdańsk