Początkiem Klubu Sportowego Marwit Toruń, był zespół zgłoszony w 2001 roku do amatorskiej Toruńskiej Ligi Szóstek Piłkarskich. W jej ramach sześcioosobowe zespoły latem rozgrywają spotkania na otwartym boisku, natomiast zimą na hali. Dzięki wsparciu przedsiębiorstwa spożywczego Marwit drużyna przyjęła taką samą nazwę. Marwit występował w miejskich rozgrywkach halowych oraz na boisku ze zmiennym szczęściem (3. miejsca w obu kategoriach w 2004 roku). W 2005 roku zespół Marchewek po raz pierwszy przystąpił do zawodów piłki plażowej (otwarte mistrzostwa Łodzi). W sezonie halowym 2005/2006 zajął drugie miejsce w TLSP.
W 2005 roku postanowiono przekształcić drużynę Marwitu w klub sportowy. W maju 2006 roku zarejestrowano w Krajowym Rejestrze Sądowym stowarzyszenie Klub Sportowy Marwit Zławieś Wielka (od siedziby przedsiębiorstwa Marwit). W październiku 2006 roku Pomarańczowi przystąpili do rozgrywek ogólnopolskich na szczeblu III ligi (grupy wielkopolskiej). Tam zajęli drugie miejsce i awansowali do drugiej ligi. Równolegle zespół występował w TLSP oraz zawodach piłki plażowej – dzięki zajęciu w 2007 roku drugiego miejsca w eliminacjach do Mistrzostw Polski w Beach Soccerze, awansował do turnieju głównego. Podczas finałów w Niechorzu i Pogorzelicy drużyna Marwitu nie miała jednak szczęścia i odpadła w pierwszej fazie turnieju.
W sezonie 2007/2008 Marwit zajął 8. miejsce w II lidze, natomiast rok później zakończył zmagania na miejscu pierwszym, w całym sezonie doznając jedynie dwóch porażek. Dzięki temu awansował bezpośrednio do ekstraklasy. W tym samym czasie Marchewkowi dotarli też do ćwierćfinału pucharu Polski.
Pierwsza przygoda z ekstraklasą nie była dla toruńskiego (od tego sezonu jako KS Marwit Toruń) zespołu udana. W ciągu całego sezonu uzbierał jedynie 16 punktów i spadł z najwyższej klasy rozgrykowej już w rok po awansie. Jednak po kolejnych dwunastu miesiącach drużyna Pomarańczowych ponownie mogła cieszyć się z awansu do ekstraklasy. W kolejnym sezonie udało się obronić miejsce w najwyższej klasie rozgrywkowej, po tym jak zespół z Torunia zajął w sezonie 2011/12 miejsce piąte. Rok później Marwitowi udało się obronić piąte miejsce w ekstraklasie.
Po sezonie 2012/2013 sponsor tytularny klubu – przedsiębiorstwo Marwit wycofało się ze sponsorowania klubu. W wyniku wiążących się z tym problemów finansowych KS Marwit wycofał się z rozgrywek ekstraklasy, zmienił nazwę na Football Club Toruń i rozpoczął grę w I lidze. W sezonie 2014/2015 drużyna po zajęciu pierwszego miejsca w grupie północnej awansowała do ekstraklasy.