Międzyszkolny Klub Sportowy "KUSY" powstał w 1958 roku. W latach 1958-1977 MKS "KUSY" był klubem dwu sekcyjnym, działającym przy Szkolnym Związku Sportowym. Utalentowana sportowo młodzież trenowała w klubie piłkę ręczną i gimnastykę sportową.
W 1978 roku dołączyła sekcja siatkówki dziewcząt i wraz z nią, decyzją władz oświatowych i Zarządu Wojewódzkiego Szkolnego Związku Sportowego, klub został przejęty przez Międzyszkolny Ośrodek Sportowy. W następnych latach powstawały w klubie kolejne sekcje: lekkoatletyki, koszykówki, badmintona, trójboju nowoczesnego, tenisa stołowego, szachów, szermierki i gimnastyki artystycznej; niektóre sekcje, z różnych przyczyn, zaprzestały działalności.
1 kwietnia 1992 roku MKS "KUSY" został wpisany do Rejestru stowarzyszeń kultury fizycznej Wydziału Spraw Społecznych Urzędu Wojewódzkiego w Szczecinie i uzyskał osobowość prawną Od tego czasu klub prowadził działalność, zgodnie z własnym statutem, jako samodzielna jednostka organizacyjna Międzyszkolnego Ośrodka Sportowego.
W styczniu 1999 r., po przejęciu placówek oświatowych przez Gminę Miasto Szczecin, klub został wpisany do ewidencji Uczniowskich Klubów Sportowych prowadzonej przez Miasto Szczecin. Klub od wielu lat uczestniczy w Ogólnopolskim Programie Szkolenia i Współzawodnictwa Dzieci i Młodzieży Uzdolnionej Sportowo.
Ze względu na ilość sekcji, liczbę zawodników oraz osiągane wyniki sportowe MKS "KUSY" zaliczany jest do największych i najsilniejszych młodzieżowych klubów sportowych w Polsce. Od 2005 roku jest nieprzerwanie liderem wśród klubów województwa zachodniopomorskiego.