Akademia Piłkarska Kotwica Kołobrzeg została założona 16 grudnia 2010 roku, a z dniem 1 stycznia 2011 roku przejęła od MKP Kotwica grupy trampkarzy i młodsze. Akademia powstała z inicjatywy trenerów i rodziców, których celem jest szkolenie najmłodszych adeptów piłki nożnej z Kołobrzegu i okolic.
Po zakończeniu sezonu 2011/12 MKP Kotwica przekazała pod skrzydła Akademii także zespoły juniorskie występujące w Lidze Wojewódzkiej.