Sekcja piłki nożnej powstała wraz z powstaniem Koła Sportowego „Stal” przy PPW Nowa Huta. Drużyna została zgłoszona do rozgrywek o mistrzostwo Krakowskiego Okręgowego Związku Piłki Nożnej, a także Pucharu Polski pod nazwą Stal Nowa Huta.
W 1952 na stadionie Cracovii drużyna rozegrała swój pierwszy mecz ligowy (grano systemem wiosna-jesień) w II lidze w grupie D. Pierwszym przeciwnikiem był OWKS Lublin, Stal wygrała 2:1.
W 1956 roku zmieniono nazwę „Stal” na „Hutnik” Nowa Huta. Pierwszy mecz pod nowym szyldem Hutnik rozegrał w sezonie 1957 w lidze okręgowej z Okocimskim w Brzesku, wygrywając 1:0.
Od czerwca lub lipca 1973 roku ówczesna prasa opisywała klub jako „Hutnik Kraków” (identyczna sytuacja miała miejsce w sezonie 2010/2011, kiedy zespół zgłoszono do rozgrywek pod nazwą „Hutnik Nowa Huta”, a mimo to wiele gazet, jak i portali internetowych, tytułowało klub „Hutnik Kraków”).
Nazwa „KS Hutnik Kraków” zaczęła obowiązywać od walnego zgromadzenia w 1984 roku, które przyjęło nowy statut i zmieniło nazwę[1].
W roku 1985 juniorzy Hutnika zdobyli mistrzostwo Polski pokonując w finałowym turnieju drużynę juniorów Górnika Zabrze. Sukces ten powtórzyli w latach 1993 oraz 1994.
W 1990 roku pod wodzą Władysława Łacha drużyna awansowała z pierwszego miejsca do ekstraklasy. Swój pierwszy mecz w 1 lidze Hutnik rozegrał 28 lipca 1990 ze Stalą Mielec remisując 2:2 w Krakowie, a pierwszą historyczną bramkę w 62 minucie zdobył Mirosław Waligóra.
W sezonie 1995/96 Hutnik zdobył brązowy medal mistrzostw Polski i awansował do Pucharu UEFA.
Drużyna utrzymała się w ekstraklasie 7 sezonów, gdzie rozegrała 234 mecze, z których 75 wygrała, 78 przegrała, i zremisowała 81 strzelając 299 goli, a tracąc 284.
W tabeli wszech czasów Ekstraklasy w piłce nożnej Hutnik zajmuje 36. miejsce.
Juniorzy starsi Hutnika awansowali do mistrzostw Polski juniorów w roku 2009, gdzie w I rundzie zostali wyeliminowani przez drużynę Pogoni Szczecin[2].
W 2009 roku z okazji jubileuszu 60-lecia Nowej Huty Hutnik rozegrał mecz z najstarszą drużyną świata Sheffield F.C. Nowohucianie zwyciężyli 3:1.
W 2010 roku Sportowa Spółka Akcyjna Hutnik Kraków zadłużyła się na blisko 6 milionów złotych co spowodowało jej upadłość. W kwietniu tego samego roku powstało Stowarzyszenie Nowy Hutnik 2010 prowadzone w pełni przez sympatyków Hutnika. Jego celem było kontynuowanie tradycji KS Hutnik. Z okazji 60-lecia klubu rozegrany został mecz z niemiecką drużyną 1. FC Magdeburg (krakowianie przegrali 0:2). Decydujące było jednak to, iż był to pierwszy w historii mecz międzynarodowy zorganizowany tylko i wyłącznie przez kibiców[potrzebny przypis]. Sukces organizacyjny, jak i upór fanów z Nowej Huty sprawił, że Małopolski Związek Piłki Nożnej przyznał Nowemu Hutnikowi 2010 licencję do gry w IV lidze. Zespół piłki nożnej występuje pod nową nazwą „Hutnik Nowa Huta” i jest prowadzony przez kibiców.
W 2011 roku reaktywowana został sekcja siatkówki na bazie Uczniowskiego Klubu Sportowego Dobry Wynik. Drużyna siatkarska Hutnika Kraków rozpoczęła rozgrywki w III lidze małopolskiej (czwartej z kolei klasie rozgrywkowej) pod nazwą Hutnik Dobry Wynik Kraków.
W sezonie 2011/2012 Hutnik Nowa Huta występował w IV lidze małopolskiej (zachód) – rozgrywki wygrał i awansował do III ligi grupy VII małopolsko-świętokrzyskiej. Z powodu remontu prowadzonego na stadionie na Suchych Stawach, na wiosnę 2012 swoje mecze rozgrywał na stadionie Grębałowianki. Remont ten miał miejsce z myślą o zbliżających się rozgrywkach Euro 2012. Reprezentacja Anglii wybrała bowiem Suche Stawy jako swoją bazę treningową.
Jesienią 2012 piłkarze powrócili na Stadion Suche Stawy. Przez 4 sezony występowali w III lidze, by w sezonie 2015/16, pomimo zajęcia 10 miejsca, w wyniku reorganizacji III ligi spaść z niej. W sezonie 2017/2018 wywalczyli ponownie awans na czwarty poziom rozgrywek i w sezonie 2019/2020 występowali w III lidze gr. IV.