Podczas swojego pierwszego sezonu 1957/58 Czarni Żagań zdobyli mistrzostwo klasy B. W roku 1959 drużyna zajęła pierwsze miejsce w klasie A i awansowała do klasy okręgowej.

Podczas następnych sezonów Czarni Żagań wielokrotnie uzyskiwali tytuł mistrza klasy okręgowej, nie dostając się jednak do 2. ligi z powodu porażek w barażach.

W sezonie 1964/65 Czarni Żagań dostali się do finału Pucharu Polski. Ich przeciwnikiem była drużyna Górnika Zabrze. Obie drużyny spotkały się na neutralnym boisku w Zielonej Górze w dniu 2 czerwca 1965 roku. Pomimo tego, że Czarni przegrali 0:4, mecz ten jest uznawany za największy dotychczasowy sukces drużyny z Żagania.

W następnych sezonach gra zespołu systematycznie pogarszała się, aż w 1971 roku spadł on do klasy A.

Rok 1977 okazał się szczęśliwy dla "żagańskiej jedenastki", ponieważ powróciła ona do klasy okręgowej. W sezonie 1985/86 zespół Czarnych opuszcza 3. ligę i w następnych latach występuje w klasie międzyokręgowej w grupie zielonogórsko-leszczyńskiej. W sezonie 1990/91 piłkarze Czarnych wywalczyli sobie na krótko awans do 3. ligi, powracając dwa lata później do klasy okręgowej.

Po zmianie sponsora drużyna Czarnych awansowała w sezonie 1999/2000 do 3. ligi. Z przyczyn głównie finansowych drużyna została w 2002 roku ponownie zdegradowana do 4. ligi. Sezon piłkarski 2007\08 Czarni zakończyli na pozycji lidera swojej grupy i wygrywając dwumecz barażowy z drużyną ze Świdnicy awansowali do nowej II ligi (odpowiednik dotychczasowej III ligi). W wyniku zawirowań i nieporozumień z nowym dyrektorem sportowym, z klubu odszedł trener Bogusław Kobyliński, a wraz z nim kilku piłkarzy, m. in. król strzelców Marcin Jankowsk/Pogoń Szczecin/. Do klubu sprowadzono zaciąg nowych piłkarzy i nad Czarnymi krąży widmo ostrej walki o utrzymanie. Pierwsze mecze nowego sezonu to potwierdzają.