Nasza historia zaczęła się w 1987 roku, kiedy pewien druh założył 44 Obronną Męską Drużynę Harcerską "Mury". Drużyna ta została wyrzucona ze Związku Harcerstwa Polskiego za... nieposłuszeństwo względem komunistycznych władz państwowych. Wśród zarzutów pojawiło się między innymi takie skandaliczne (zdaniem władz państwowych) zachowanie jak chodzenie do Kościoła w mundurach...
19 lat później dorośli już, w większości byli harcerze umówili się na mecz piłki nożnej. Zaczęliśmy regularnie grać w piłkę i tak od 2008 roku nie przestajemy.
W 2013 roku zgłosiliśmy się do rozgrywek Amatorskiej Ligi Piłki Nożnej w Szczecinie. Rozgrywki te organizuje Osiedlowy Klub Sportowy "Prawobrzeże". Tam wygraliśmy eliminacje i przystąpiliśmy do rozgrywek ligowych. W międzyczasie dołączali do nas różni gracze, stale powiększając nasze grono. Drużyna przyjęła nazwę "Centrum 44". Centrum, bo Drużyna "Mury" wywodziła się ze Starówki, a i kolejni gracze, którzy dołączyli, w większości pochodzili z centrum miasta.
Po 3 latach gry w ALPN połączyliśmy siły ze Stowarzyszeniem "Pionier Szczecin" i pod taką nazwą przystąpiliśmy do rozgrywek w B-klasie. Niestety fuzja nie przeszła próby czasu i pół roku później opuściliśmy szeregi Pioniera. Wraz z nami wystąpiło kilku innych zawodników, których spotkaliśmy na swojej drodze dzięki Pionierowi. Dlatego wspólnie uznaliśmy, że Drużyna musi przyjąć nową nazwę. Wybraliśmy nazwę Czarni 44 Szczecin, nawiązując zarówno do naszych korzeni harcerskich - 44 OMDH "Mury", piłkarskich - Centrum 44 oraz szczecińskich, gdzie w przeszłości występowali Czarni Szczecin.
Do dawnej nazwy Czarni Szczecin, dodaliśmy więc swoje 44. Ta liczba odwołuje się do tradycji Powstania Warszawskiego, z którego tak kiedyś - w harcerstwie - jak i dziś na boisku, meczu, treningu, stadionie czy na codzień chcemy czerpać takie wartości jak Patriotyzm, Braterstwo, czy Niezłomność.